Durante el período de 1553 a 1555, Ignacio le dictó su biografía a su secretario, el Padre Gonçalves da Câmara. Esta Autobiografía es una pieza importante para entender sus Ejercicios espirituales y todo su pensamiento. El original quedó archivado e inédito durante 150 años, hasta que los bolandistas publicaron el Relato del Peregrino en Acta Sanctorum. En su viaje a Roma sucede un hecho importante en la vida de Ignacio, ya que en La Storta, localidad al norte de Roma, tiene una experiencia espiritual de excepcional trascendencia, que recoge así: Tuvo tal mutación en su alma y ha visto tan claramente que el Padre le ponía con Cristo, su Hijo, que no sería capaz de dudar de que el Padre le ponía con su Hijo. Con esta expresión reveló la unión que desde entonces sintió con Cristo.